孔径光阑位于显微镜下聚光镜的透镜组之间，聚光镜前焦点平面处。用拨杆或调节环控制，并在聚光镜外壳上标有刻度。它能调整聚光镜的数值孔径相匹配与所用物镜的数值孔径相匹配。如影像的分辨率、反差、焦深和镜像亮度处在zui佳状态。如孔径光阑开的过大，也会产生眩光，如影像景深小，反差降低，影响影像清晰度。因物镜的数值孔径与其分辨率成正比，故此会降低显微照片的解像力。因此因入射光孔过小，会出现衍射现象，使显微图片的图像失去真实性。
    调整孔径光阑有以下三种方法：
    1）先将标本调准焦点后，从双目镜筒中抽出一个观察目镜，通过镜筒直接观察物镜的后焦点平面。边观察边缩小光圈，当孔径光圈像的直径相当于物镜后焦点平面圆形图像的2/3时为止。这种方法zui直观，操作者可直接看到孔径光阑的变化，以及与物镜数值孔径的比例关系。该法在操作上比较麻烦，更需小心谨慎，一旦失手很容易损坏目镜。另外，经常抽出目镜，会使灰尘落入镜筒内。斜筒式显微镜灰尘会落在分光棱镜上；直筒式显微镜，灰尘会直接落在物镜后透镜上。这些地方的灰尘都不易清洁。所以在显微摄影中调整孔径光圈，zui好不要使用这种方法；
    2）根据所用物镜的数值孔径，经计算后。将孔径光阑拨杆定在聚光镜数值孔径标记的相应位置。这种方法简单易行，容易掌握，特别适于初学者。与di一种方法相比，对于显微镜具有无伤害性安全操作，为此在显微摄影时，我们推荐使用这种方法。
    3）有经验的显微摄影工作者，可以从调焦目镜中观察影像，边调整孔径光阑，当影像的反差、景深和清晰度处于zui佳状态时为止。这种方法操作简便，调节迅速，但是掌握这种方法并能达到准确无误的程度，必须具备丰富的显微摄影实践经验，否则容易步入误区，认为孔径光阑收缩的越小，影像越清晰。因寻找标本拍摄部位和选用适当的放大倍率，不同倍率的物镜需要经常转换使用。所以显微摄影时每次拍摄前都要重新调整一次视场光阑和孔径光阑，同时应对柯勒照明和光轴做一次检验。这是显微摄影中zui重要的也是zui基本的要点。