倒置生物显微镜多用来观察和研究生物切片、细胞细菌以及活细胞组织培养、流质沉淀等，同时也可以用来观察其他透明或半透明物体以及粉末、细小颗粒等。在观察细胞时，有些实验要求用药物来处理细胞，在不同药物浓度下细胞可能坏死，也可能调亡。先介绍两个概念：
    1）凋亡：凋亡是指细胞在一定生理和病理条件下，遵循自身程序，由基因调控的主动性死亡过程。因此，从活细胞凋亡到死亡有一定过程和有一定时间跨度的，根据凋亡的诱因不同，时间跨度从几小时到几天不等。凋亡过程中首先出现的是细胞膜的不对称改变即PS的外翻和线粒体的膜电位的改变；随后出现染色质浓缩、边缘化，细胞体积变小，变形，细胞膜的通透性改变和DNA的片段化；凋亡晚期细胞核裂解为碎块，产生凋亡小体，贴壁细胞出现皱缩、变圆、脱落；zui后随溶酶体裂解、蛋白酶的释放激活，细胞崩解。因此，凋亡的一个动态的过程，随时间的推移、诱导凋亡原因和检测方法的不同，检测和观察结果也大不相同。
    2）坏死：活细胞在某些因素的作用下直接进入死亡阶段，从而很难和晚期凋亡相区别。
    那么在倒置荧光显微镜下如何辨别已经坏死的细胞呢？
    我们采用Hoechst33342和碘化丙啶（PI）双染的方法。细胞发生凋亡时，染色质会固缩。Hoechst 33342可以穿透细胞膜，染色后凋亡细胞荧光会比正常细胞明显增强。碘化丙啶（PI）不能穿透细胞膜，对于具有完整细胞膜的正常细胞或凋亡细胞不能染色。而对于坏死细胞，其细胞膜的完整性丧失，碘化丙啶（PI）可以染色坏死细胞。上述两种染料双染后，使用流式细胞仪或荧光显微镜检测时，正常细胞为弱红色荧光+弱蓝色荧光，凋亡细胞为弱红色荧光+强蓝色荧光，坏死细胞为强红色荧光+强红色荧光+强蓝色荧光。这种凋亡和坏死鉴定的试剂盒在市场上也很常见。