显微图像软件是配备在显微镜上的软件包，能实现实时图像预览、采集，进行图像分析、处理（包括景深扩展、滤波、图像增强）、二维三维测量、共定位分析、荧光去模糊等功能。在庞大的显微领域，各种应用软件有着它们不同的功能，主要有以下几种分类：
1.专业软件公司产品
    1）Metamorph软件
    2）IPP软件
    3）ImageJ（免费）
2.显微镜厂家标配软件
    1）CellSense软件-Olympus公司
    2）Axiovision软件-Zeiss公司
    3）Leica Application Suite(LAS)软件-Leica公司
    4）NIS-Elements软件-Nikon公司
3.CCD厂家配备的软件
    1）ProgRess CapturePro采图与分析软件（免费）德国耶拿公司
    2）INFINITY ANALYZE 软件（免费）
    3）QCapture软件（免费）Qimaging公司
4.显微系统软件包
    1）iQ Imaging 软件-Andor公司
    2）Deltavision softWoRx软件-Applied Precision公司
5.三维展示、处理软件
    1）IPP的3D渲染和测量功能模块Image-Pro Plus 3D-Media Cybernetics公司
    2）Imaris软件-Bitplane公司
    3）Volocity软件-Perkinelmer公司