随着科学技术的快速发展，电子显微镜在显微领域的应用前景甚是广阔，较光学显微镜表现出了它独到的优越性。但是因为光学显微镜和电子显微镜的应用的技术和领域各不相同，电子显微镜又不能完全替代光学显微镜。
   

   在生物学中的应用来说，光学显微镜的分辨本领远远不如电子显微镜，因为光学显微镜的分辨率受衍射极限的限制，所以它的分辨率不可能小于入射光波长的一半。也就是说，如果用400nm的入射光，那么观察对象不能小于200nm。但是由于其可以进行实时、动态观察，在生物学中的地位是无可比拟的，就想在生物学领域中不可能离开荧光显微镜和共聚焦之类的光学显微镜。而电子显微镜由于使用电子束来扫描成像，其分辨率可以很轻松的达到纳米级，这对于高分辨率成像的应用时不可取代的。
   

   在金相分析学中的应用来说，电子显微镜的放大倍率也远远超过光学显微镜，宝搏体育电子显微镜的放大倍率已经超过300万倍，而光学显微镜的放大倍率约为2000倍，所以电子显微镜能够直接观察到某些重金属的原子和晶体中排列整齐的原子点阵。
   

   虽然电子显微镜的分辨本领和放宝搏体育力远胜于光学显微镜，但是它也存在一些缺点：
   

     1）电子显微镜中样本必须在真空中观察，因此无法观察活样本。随着技术的进步，扫描电镜将逐渐实现直接对活样本的观察。在处理样本时可能会产生样本本来没有的结构，这加剧了伺候分析图像的难度。由于投射电镜只能观察非常薄的样本，而有可能物质表面的结构不同。此外电子束可能通过碰撞和加热破坏样本；
   

    2）电子显微镜的样品缺乏有效地tag(如光学显微镜中的GFP)；
   

    3）电子显微镜的购买和维护的价格都是比较高的。